放线菌系统分类技术.pdf

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书籍描述

内容简介
放线菌作为人类重要的伙伴以及生物活性物质的重要生产者,其资源开发与系统分类也显得尤其重要。本书描述了现代放线菌系统学与分类技术的发展,介绍了长期以来作者在分类技术中获得的部分经验,从新种的命名、登录号的获取、形态学、生理学、酶学、细胞化学、分子遗传学直至基因组学分类技术都做了较为全面的阐述。其中还特别加入了生物软件分类技术、网络在线分类技术和基因组学分类技术等。
本书是一本面向相关专业师生的教学参考用书,也是微生物资源分类及其开发利用的技术素材。

作者简介
关统伟,西华大学生物工程学院教师。长期从事微生物科研与教学工作14年,尤其在放线菌分类学研究领域已经从事11年。有效发表新物种11个,熟练掌握该领域的相关前沿技术。

目录
第1章放线菌系统分类学概论1
1.1放线菌分类学的发展1
1.2放线菌的多相分类10
1.3如何使用现代技术对放线菌分类19
1.4放线菌新种的命名22
参考文献33
第2章放线菌的形态特征与现代分类基本技术39
2.1放线菌显微观察技术39
2.2放线菌菌种纯化技术52
2.3放线菌的培养技术54
2.4放线菌细胞大小的测定技术55
2.5放线菌的基本形态58
2.6放线菌的培养特征62
2.7放线菌性别判定技术65
2.8放线菌的分离技术66
参考文献68
第3章放线菌生理生化特性分类技术70
3.1生理生化分类技术70
3.2API细菌鉴定系统82
3.3Biolog全自动微生物鉴定系统89
参考文献90
第4章化学分类技术91
4.1细胞壁化学类型91
4.2全细胞水解糖分类技术93
4.3枝菌酸分类技术97
4.4醌组分分类技术102
4.5磷酸类脂分类技术104
4.6脂肪酸组分分类技术108
4.7肽聚糖型分类技术112
参考文献115
第5章基因型分类技术117
5.1放线菌基因组DNA提取117
5.2PCR反应与产物纯化技术118
5.3基因克隆121
5.4凝胶电泳技术123
5.5现代测序技术126
5.616S rRNA基因序列分析130
5.7DNA(G+C)含量测定技术130
5.8DNA杂交技术137
5.9引物设计与菌株的快速鉴别141
5.10多位点序列分析技术152
参考文献157
第6章生物软件在放线菌分类中的应用技术160
6.1序列拼接技术160
6.2Clustal X多序列比对技术175
6.3系统进化树构建技术182
6.4Sequin软件提交序列技术221
参考文献227
第7章放线菌基因组分类技术228
7.1放线菌基因组的特点228
7.2基因组时代放线菌系统分类研究的现状230
7.3新型的用于系统发育分析的基因组特征序列232
7.4Signature Indels和Signature Proteins在放线菌系统发育研究中的应用233
7.5放线菌基因组分类学的展望238
参考文献239
第8章网络在线分类技术242
8.1NCBI 及BLAST的使用242
8.2RDP数据库使用介绍247
8.3EzBioCloud数据库使用介绍251
8.4LPSN网站介绍257
8.5WDCM网站介绍260
8.6BankIt在线提交核酸序列261
参考文献266

序言
自从2400年前亚里士多德提出物种的概念后,人们一直在追求着用自然分类的手段对物种进行分类。技术的进步以及分类概念的创新始终贯穿于原核生物分类体系的构建过程中。放线菌发现至今已有百余年的历史,而放线菌分类学的形成开始于1961年Waksman出版的名著《放线菌属和种的分类、鉴定及描述》。从此,放线菌系统分类技术在漫长的岁月里逐步得到了提高和发展。近年来发展起来的“基因组系统发育学”让人们更加系统地理解和认识了放线菌类群的发生、演化,以及不同生境类群之间的相互关系。目前,已有超过910株放线菌的全基因组序列被完成。基于基因组学而创立的“基因组系统发育学”将成为重建放线菌“生命之树”的一场革命。这也标志着放线菌系统学已经进入基因组学研究时代。
为了顺应时代的发展和技术的进步,本书以突出实用为目标,阐述了放线菌分类学的最新进展以及现在分类技术的成果;详细介绍了分类生物软件和网络在线分类工具的使用。菌株保藏号的全程国际化获取途径以及放线菌新物种的命名、新的全细胞水解糖组分分析技术及其基因组分类技术等,深入地展现了放线菌分类学的魅力。全书内容丰富全面、叙述朴实、浅显易懂,避免了过于复杂的晦涩难懂的描述,操作步骤更加详尽清晰,从而更好地符合师生的阅读习惯和实践应用。
本书共分8章,从分类学的发展和基本的分类技术入手直至放线菌的基因组分类技术介绍,由浅入深,力求新颖;每个章节都有2~5位专业学者参与编写,做到内容精确到位、细节丰满有力。
本书的编写得到国家自然科学基金委(31060003)、教育部“春晖计划”(Z2012022)和西华大学重点项目(Z1220530)及青年学者计划的大力资助。对此,表示衷心的感谢!
在本书编写过程中,编著者们怀着严谨的科学精神、朴实的治学态度去学、去写、去做;但放线菌系统分类技术发展迅速,内容涉及广泛,其中难免有不尽如人意之处,乞望读者指正。

编者
2015年6月

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